Ngày 3 tháng 6 năm 2013, Jones được chẩn đoán mắc bệnh ung thư ống mật[18] và trải qua ca phẫu thuật, buộc phải hoãn phát hành album phòng thu Give the People What They Want.[19] Sau đó, bà được chẩn đoán mắc bệnh ung thư tuyến tụy giai đoạn II, khiến bà phải phẫu thuật gan và hóa trị.[20] Cuộc hóa trị khiến bà rụng tóc, có lần phải đầu trọc trình diễn và từ chối mang tóc giả.[21][22] Trong Liên hoan phim quốc tế Toronto 2015, bà tiết lộ căn bệnh ung thư đã trở lại và phải hóa trị thêm lần nữa.[23][24][25] Jones qua đời vào ngày 18 tháng 11 năm 2016 tại Cooperstown, New York bởi những biến chứng của bệnh ung thư tuyến tụy, hưởng thọ 60 tuổi.[26][27]